(一)综合科 负责党务、政务事务、综合业务、信访、人事劳资、财务等日常管理工作。
(二)总务科 负责医疗废物和污水的处置工作。负责设施维护、安全保障、食堂和物料库房管理等后勤服务工作。
(三)科教信息科 负责采供血业务培训、业务协调、投诉处理以及输血医学科研等业务管理工作。负责计算机信息管理系统等信息化技术体系建设和运行维护工作。
(四)质管科 负责质量体系文件管理和内部质量审核工作。负责采供血过程和血液的质量控制工作。
(五)检验科 负责血液检测以及HIV反应性标本的送检及疫情上报工作。
(六)成分科 负责待检血液的接收和储存工作。负责血液批放行以及血液的贴签和包装工作。负责各种血液成分的分离和制备工作。
(七)储血科 负责成品血液储存、临床用血发放以及辖区内医疗用血的业务指导工作。负责全市血液库存量的动态预警管理和库存血液的调配工作。
(八)献血服务科 负责除分站所辖区域之外的无偿献血者招募和血液采集工作。负责全市无偿献血宣传工作。负责无偿献血者队伍管理、无偿献血者及配偶或直系亲属免费用血报销和无偿献血奖励的统计申报工作。
(九)县区分站 设立富拉尔基分站、克山分站、讷河分站三个分站。
负责所辖区域的无偿献血者招募、血液采集、成分制备、血液储存和临床用血供应工作。负责分站车辆、建筑设施的日常管理和安全工作。